DiskAid.というソフトを使い、iPhoneをiTunes経由でなく直接読み取り、中にある「DCIM」フォルダを削除するだけ。（削除する前に、iPhoto等でバックアップしてから）

iPhoneで撮った写真がカメラロールに表示されない場合の対処法 – これがiPhoneクオリティ！.